Baptisté ani napotřetí neschválili vstup do České evangelikální aliance Čeští baptisté na svém Sjezdu delegátů, který se uskutečnil 3. a  4. března 2006 v Ostravě, ani napotřetí neschválili vstup BJB do České evangelikální aliance. Návrh pražského vinohradského sboru na kolektivní členství BJB v ČEA nebyl sjezdem delegátů přijat. V emotivní reakci na nepřijetí návrhu požádal br. Kristoslav Smilek o okamžitém přijetí brněnského sboru do ČEA (bez řádného hlasování sborového shromáždění v Brně?).  Dosud byly členem ČEA pouze sbory BJB v Praze 3 a v Děčíně. BJB je totiž uspořádané na kongregačním principu a jednotlivé sbory mají svobodu rozhodnout se pro své samostatné členství samy. ČEA však nemůže oficiálně ani ve svých projektech (Kurzy Alfa, Rozvoj vůdčích schopností EQUIP, atd.) propagovat podporu celé BJB, jak se to občas stávalo. Návrh na přijetí BJB do ČEA nebyl přijat ani sjezdu delegátů v roce 2004 a ani poté, co se VV pokusil o "dodatečné inernetové hlasování" v této záležitosti:

Při „dodatečném hlasování“ o vstupu do České evangelikální aliance (ČEA) sbory BJB v ČR členství v ČEA neschválily. Mezi důvody, které uvádějí, jsou výhrady k některým bodům stanov, obsah pojmu evangelikál, tendence ČEA být "nadcírkevním ústředím"a k institucionalizaci charismaticko-letničních průsaků do stávajících evangelicko-evangelikálních denominací, pokus o rozmělnění důrazů v jednotlivých denominacích a vytvoření jedné "církve" apod.

Rozhodnutí sborů BJB je důkazem o tom, že pozorně sledují „církevní dění“ v naší vlasti a kladou naprosto logické otázky, jejichž zodpovězení je nezbytné pro činění moudrých a duchovně prozřetelných rozhodnutí. K celé věci se sbory případně vrátí na dalším Sjezdu v příštím roce. Neznamená to však, že by i nadále nesledovali jako pozorovatelé další vývoj v ČEA. Rovněž to neznamená, že by jednotlivé sbory BJB neměly mít i nadále plnou svobodu ke vstupu do ČEA. Argumenty proti členství BJB v ČEA byly formulovány mj. v otevřeném dopise žateckého sboru BJB Staršovstvo žateckého sboru zaujalo negativní postoj k členství BJB v ČEA. V diskusi o vstupu BJB do ČEA zazněly i tyty názory a námitky: - výhrady k některým bodům stanov: Zejména nepovažujeme za vhodné, že EA jako občanské sdružení chce jednat za církve s úřady a stát se reprezentantem církví, což jí nepřísluší; stát považuje za takovéhoto společného mluvčího Ekumenickou radu církví, jejímiž jsme členy. Předseda BJB je členem prezídia ERC a tajemník či někdo jiný z VV členem řídícího výboru. Ev. aliance je občanským sdružením, a to je registrováno u ministerstva vnitra, s kterým církve nemají nic do činění, poněvadž registrace, dotace atd. jsou záležitostí MK ČR. - Závazek členů ČEA předepisuje nějakou etiku jednání jen mezi evangelikály, takže lze předpokládat, že jednání s křesťany, které za evangelikály neoznačí, může být jiné, nekřesťanské. - Kdo to jsou evangelikálové? Denominace či jednotlivci? Jsou to baptisté jako celek? Je BJB evangelikál či evangelikální? Původní evangelická aliance byla modlitebním probuzeneckým hnutím napříč širokým církevním spektrem, kdežto současná Evangelikální aliance chce být "nadcírkevním ústředím", které postupně se snaží získat pod svou hlavičku různé denominace, které budou živit její aparát. Dříve např. byly výnosy finančních sbírech při aliančním modlitebním týdnu určeny na pomoc křesťanům či misijním organizacím v nejchudších zemích, loňské i letošní sbírky byly určeny na činnost České evangelické (nově "evangelikální") aliance. Desítky let se aliančních modlitebních týdnů zúčastňují i ČCE, adventisté, pravoslavní, CČSH, Křesťanské sbory, katolíci a další církve podle místních podmínek. Ty všechny mají teď vydržovat ČEA, která se snaží sdružit evangelikály proti ostatním křesťanům, jak letos uvedla ČEA v materiálech k modliteb. týdnu? Již jsme se setkali i s tím, že někteří "evangelikálové" zvažují svou účast na modlitebních týdnech nebo ekumenických akcích, protože se jich účastňují i "neevangelikálové". Jsou baptisté i luteráni evangelikálové? Vždyť augustána, která je dosud v luteránských publikacích, proklíná anabaptisty. Kvůli pojetí křtu není BJB členem Leuenberské konkordie, jejímiž členy je většina českých denominací, které jsou členy ČEA. Jsme pro spolupráci církvi všude tam, kde to je možné a v tom, co máme společné. Proto odmítáme členství BJB v ČEA přinejmenším jako nadbytečné, protože BJB je členem ERC. Odmítáme ČEA jako "nadcírkevní" opoziční instituci, v kterou se mění z původní evangelické aliance. - BJB bývala členem neformálního sdružení evangelických církví, které bez jakékoliv registrace a placení příspěvků bylo konzultatívním sdružením představitelů většiny nekatolických církví, kteří se setkávali podle potřeby k projednání toho, co považovali v dané chvíli za potřebné. V podstatě tyto denominace jsou také vydavateli Evangelického týdeníku "Kostnické jiskry". Jinou skutečností je, že BJB využívá ET KJ velmi málo a málo do něj i přispívá - k vlastní škodě. - obava, zda evangelikální hnutí není opět jakýsi další pokus o rozmělnění důrazů v jednotlivých denominacích a tím k pozdějšímu vytvoření jediné správné církve obecné (catholic). - obava, zda nejde spíše o institucionalizaci charismaticko-letničních průsaků do stávajících evangelicko-evangelikálních denominací.
Když se podíváme na personální složení rady ČEA viz http://www.ea.cz/rada_cea.htm , tak vidíme, že tam mají velice silný hlas zástupci AC a KS. Takže charismatici a letniční představují hlavní proud českého evangelikalismu? Viz též silné propojení mezi ČEA a KMS.
Doposavad se za leadera českého evangelikalismu (a nejkompetentnějšího vykladače co je evangelikalismus) považovalo vedení CB. Poslední Evangelikální teologická konference ukázala, že CB rozšiřuje prostor pro charismatiky a letniční. Asi jde o pokus ustát jejich vlastní vnitrocírkevní pnutí. Proč tomu ale má asistovat BJB? Při naši teologické "impotenci" tam stejně budeme jenom přikukovat. A jméno BJB bude přiřazováno k nejrůznějším - často i politickým - prohlášením ČEA. - Podle stanov ČEA Evangelikální platforma představitelů církví naplňuje své poslání mimo jiné v těchto oblastech:

- aktivním prosazováním a podporou vize ČEA uvnitř svých denominací
- zaštítěním aktivit ČEA svou autoritou a jménem
- koordinací aktivit, které povedou k většímu vlivu evangelikálních křesťanů ve společnosti
- formulací stanovisek církví zastoupených v ČEA , která pak budou ČEA prezentovany v rámci její vize