Nezávislý kontrolní úřad (NKÚ) realizuje letos jako jednu ze svých kontrolních akcí "Prostředky státního rozpočtu poskytované církvím a náboženským společnostem".

Tato kontrolní akce dosud nebyla uzavřena, neboť probíhá od května 2008 do února 2009.

Dle neoficiálních informací se tato kontrolní akce zabývá především mzdovou agendou (týká se pracovníků financovaných ze státního rozpočtu) a děje se jak na ústředích církví, tak na jednotlivých sborech (farnostech) kontrolovaných církví.

Kontrolovanými osobami v této kontrolní akci jsou:

Arcibiskupství olomoucké      
Biskupství brněnské    
Biskupství českobudějovické      
Biskupství královéhradecké      
Biskupství litoměřické    
Církev československá husitská      
Jednota bratrská      
Ministerstvo kultury    
Olomoucko-brněnská eparchie Pravoslavné církve v českých zemích    
Starokatolická církev v ČR